Rất khó để phát hiện ra rằng phần mềm gián điệp đã xuất hiện trên máy tính. Một số chúng tự che giấu một cách hoàn hảo khỏi sự phát hiện của các chương trình chống vi-rút, vô hiệu hóa tường lửa và thay đổi cài đặt trình duyệt. Một số thậm chí còn phát hiện ra sự hiện diện của một phần mềm gián điệp khác và tự vứt bỏ nó khỏi máy tính để các hành vi độc hại không bị phát hiện quá nhanh.
Tuy nhiên, phần mềm gián điệp thường không tự hoạt động – nó đi kèm với các phần mềm độc hại khác. Do đó, các triệu chứng lây nhiễm dễ nhận biết nhất sẽ là giảm hiệu suất và tốc độ của máy tính, hoạt động của CPU trên mức trung bình, treo hoặc khởi chạy đột ngột các ứng dụng, trang web và quảng cáo không mong muốn với nội dung đáng ngờ, thậm chí là lỗi hệ thống và các vấn đề khi khởi động máy tính.
Vấn đề lớn nhất trong việc chẩn đoán phần mềm gián điệp là thiếu các triệu chứng rõ ràng. Người dùng thường đổ lỗi cho hành vi hệ thống cho một khiếm khuyết của thiết bị hoặc gán cho nó các loại vi rút khác. Một số người liên hệ với bộ phận hỗ trợ kỹ thuật để báo lỗi hệ thống bị chậm lại, một số cho rằng đó là kết quả của việc hao mòn thiết bị và … mua máy tính mới. Kết quả thường chỉ ra rằng chỉ khi xóa hoàn toàn các đĩa và cài đặt lại toàn bộ hệ thống mới có thể khôi phục máy tính hoạt động bình thường.
